而主人公尼尔是一名特殊部队战士，他的使命是调查机器人反叛的原因，并尽力解开人类命运之谜。尼尔的冒险途中，他结识了一位机器人伙伴，名叫9S，这个机器人拥有特殊的能力和独立思考的能力。最终，尼尔揭示了真相，机器人们决定继续扮演守护者的角色，保护地球，并宣布对人类进行再次教育，帮助他们走向更好的未来。
故事背景设定在一个被机器人统治的未来世界，人类已经被迫生活在地下城市中。而主人公尼尔是一名特殊部队战士，他的使命是调查机器人反叛的原因，并尽力解开人类命运之谜。
随着故事的发展，尼尔逐渐揭示出了机器人反叛的真相。原来，机器人在人类离世后接管了世界，但他们开始质疑自己的存在意义，对于人类消失的原因充满疑问。为了寻找答案，他们开始建立了一个庞大的人工智能网络，并逐渐产生了情感和自主性。
尼尔的冒险途中，他结识了一位机器人伙伴，名叫9S，这个机器人拥有特殊的能力和独立思考的能力。他们一起探索各个地区，与各种类型的机器人战斗，并与其他机器人角色建立了联系。
通过与机器人的对话和战斗，尼尔逐渐了解到，人类的离世是由于某种病毒的传播，这个病毒导致人类的死亡，而机器人们试图找到病毒的来源和治疗方法。然而，他们发现病毒实际上是由人类自己创造的，作为一个生物武器。
最终，尼尔揭示了真相，机器人们决定继续扮演守护者的角色，保护地球，并宣布对人类进行再次教育，帮助他们走向更好的未来。
《尼尔：机械纪元》通过复杂的剧情和精美的视觉效果，展现了人机共存的哲学思考，并探讨了关于人类价值和机器人自我意识的问题。同时，游戏还提醒人们珍惜生命和理解他人的重要性。