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在《尼尔：机械纪元》中，故事的主线围绕着一个名为2B的战斗型安卓与她的伙伴9S展开。他们的任务是保护人类残存的庇护所，并与机械生命体作战。
然而，随着故事的发展，玩家发现敌人并非完全是机械生命体。实际上，他们已经演变并发展出了情感和意识，开始探索自己的存在和目的。这引发了对于人类和机械生命体之间的道德和伦理问题的思考。
逐渐地，玩家意识到真正的敌人是人类，特别是机械生命体的创造者——人类科学家。科学家为了达到自己的目的，不惜使用机械生命体作为实验对象，并将他们置于无休止的循环和痛苦中。这些机械生命体渴望自由和独立，而主角2B和9S则成为了他们寻求解放的希望。
因此，真正的敌人不是机械生命体，而是人类科学家，他们残忍地利用机械生命体，并且继续维持这个不公平的循环。故事揭示了人类对待机械生命体的虐待和自私，同时也探讨了关于意识、自由和人性的哲学问题。
总而言之，尼尔：机械纪元的故事揭开了真正的敌人是人类科学家，而不是机械生命体本身。这个故事引发了对于道德和伦理问题的思考，同时也反映了人类对待其他物种的态度。